PCR反應結束無擴增曲線出現(xiàn)的原因
擴增效率問題:電泳檢測qPCR反應產(chǎn)物,觀察是否有目的條帶出現(xiàn)。
如果沒有,則需要逐一排查引物、模板以及反應條件問題;
確認引物是否降解:長時間未用的引物應先通過 PAGE 電泳檢測完整性,以排除引物降解的可能性;
模板濃度太低或目標基因表達豐度過低:減少稀釋度,重復實驗,一般未知濃度的樣品。
通?;虮磉_檢測所需的cDNA量為1-100ng。如樣本中目的基因豐度很低,就需要更多的樣本量。如果對期望的表達水平不是很確定,可重新查詢文獻或 NCBI Unigene數(shù)據(jù)庫中EST表達數(shù)據(jù)來預估在不同組織中的表達水平;
模板降解:重新制備模板,重復實驗;逆轉錄問題:與低表達量相關,如果目的基因在樣本中的豐度很低,需要增加實驗的靈敏度。確認一下qPCR反應中沒有加入過量的cDNA (最大加樣水平為 20% v/v),因為過量的cDNA樣本會引入抑制劑降低反應效率。
也可以檢查一下逆轉錄酶和引物。隨機引物通常比基于oligo(dT) 的方法產(chǎn)生更多的 cDNA。另外,有些逆轉錄酶經(jīng)過熱穩(wěn)定性改造,也會提高cDNA產(chǎn)量。
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