如何查找質(zhì)粒圖譜
方法一：使用Vector NT 軟件
做分子實(shí)驗(yàn)，經(jīng)常和不同的質(zhì)粒打交道，了解各種質(zhì)粒的圖譜信息是必需的，invitrogen公司的這款軟件絕對是分子生物學(xué)蟲子們的福音，要想對質(zhì)粒圖譜了解更直觀，安裝這款軟件是非常必要的。這款軟件的軟件包里面會包括invitrogen公司的所有質(zhì)粒圖譜信息和其他比較常見和經(jīng)典的質(zhì)粒圖譜。
方法二：查找質(zhì)粒圖譜的網(wǎng)站
1. ?Vector Database（addgene）
這個(gè)網(wǎng)站很頁面很人性化，以前叫做lablife，現(xiàn)在網(wǎng)站做了整合，傳送http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/），比如查找pRS類質(zhì)粒圖譜（注意，是一類質(zhì)粒圖譜，沒關(guān)系，照樣能找到），直接在搜索框輸入pRS，可以看到，之類質(zhì)粒一共有三十多個(gè)。
找到自己需要的質(zhì)粒名稱，點(diǎn)擊進(jìn)入，就可以看到質(zhì)粒圖譜了。
拿第一個(gè)質(zhì)粒pRS413舉例，如上圖，質(zhì)粒圖譜是不是很難看，對，我也覺得很難看，沒關(guān)系，看見view sequence了嗎？點(diǎn)擊進(jìn)入，我們就得到該質(zhì)粒圖譜的序列了。
如何得到比較好看的質(zhì)粒圖譜呢，看到GeneBank了嗎？對，熟悉vector的童鞋們肯定知道該如何做了，對，點(diǎn)擊進(jìn)入，如下圖，復(fù)制所有的代碼部分，新建txt文件，粘貼上代碼后，將文件擴(kuò)展名由txt更改為gb格式，導(dǎo)入vector，你就可以在vector里面看到質(zhì)粒圖譜了。
因?yàn)檫@個(gè)網(wǎng)站我經(jīng)常用，并且和NCBI網(wǎng)站的運(yùn)用方式一樣，以及和Vector軟件的配合使用，因此講解比較啰嗦。
2.Vector DB
此網(wǎng)站頁面比較簡陋，但分類比較直觀，總結(jié)和分類都比較完整。基本包括了所有表達(dá)系統(tǒng)的質(zhì)粒信息。
不過唯一有一點(diǎn)不爽的就是，這個(gè)網(wǎng)站竟然沒有搜索欄啊，太不人性化了。那如何在那么多質(zhì)粒信息中查找到我們所需要的質(zhì)粒的信息呢？沒關(guān)系，我們有網(wǎng)頁字符查找功能，見紅色標(biāo)記部分。
方法是：網(wǎng)頁工具欄 編輯——–在此頁上查找，然后輸入你的質(zhì)粒名稱，就可以了。比如：我們輸入pRS，是不是就和搜索欄一樣出現(xiàn)有用信息了？
點(diǎn)擊我們需要的質(zhì)粒進(jìn)入下以頁面，以質(zhì)粒pRS303為例，如下圖。有用信息除了對該質(zhì)粒進(jìn)行的一些描述性語言外，最重要的要算是紅色標(biāo)記部分了，sequence
link進(jìn)入是該質(zhì)粒的序列。NCBI link，點(diǎn)擊直接進(jìn)入了NCBI，如何在NCBI中得到質(zhì)粒圖譜，下面將進(jìn)行詳細(xì)解釋。
3. ?NCBI
重點(diǎn)介紹如何用NCBI查找質(zhì)粒圖譜信息。如下圖，search下拉框中選中Nucleotide，搜索欄輸入質(zhì)粒名稱，拿pRS303舉例：
search后，得到搜索結(jié)果，如下圖，點(diǎn)擊右邊的send to，選中file，genebank等選項(xiàng)，點(diǎn)擊Create File選項(xiàng)，得到一個(gè)gb格式的文件，導(dǎo)入vector軟件中，就得到了我們需要的質(zhì)粒圖譜了。
4. ?Google及Google學(xué)術(shù)
Google確實(shí)是個(gè)好東西，學(xué)生物的應(yīng)該好好的學(xué)習(xí)下他的用法，雖然對于墻內(nèi)有時(shí)總提示無法打開，但搜索的效率是某娘不能比的，更不要提那個(gè)小三了。
檢索式子：質(zhì)粒名 ＋ map
質(zhì)粒名 ＋sequence ＋filetype:txt or filetype:pdf
或者：進(jìn)入google，點(diǎn)擊”圖片搜索”，直接查找圖譜。
5. ?寒梅礪劍閣（熱心生物人整理的）
6. ?其他的一些核酸數(shù)據(jù)庫
方法三：一些重要試劑公司網(wǎng)頁
其實(shí)也是一些網(wǎng)站，因?yàn)檫@些網(wǎng)站除了得到質(zhì)粒圖譜等信息，還可以得到關(guān)于質(zhì)粒使用方面的信息，因此單獨(dú)拿出來做一個(gè)分類?，F(xiàn)在很多質(zhì)粒，特別是應(yīng)用比較廣泛的質(zhì)粒都一些公司商業(yè)化的質(zhì)粒，基本是由一個(gè)質(zhì)粒你就會聯(lián)想到一個(gè)公司的名字。
比如簡單的，克隆載體pMD18-T，TaKaRa，有木有；pGM-T，天根，有木有；
一些表達(dá)載體，使用最廣泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有雙MCS的Duet系列載體，Novagen的；畢赤酵母表達(dá)質(zhì)粒pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES釀酒酵母表達(dá)系統(tǒng)，也是invitrogen的，因此知道常見的質(zhì)粒是哪個(gè)公司的，去他們公司網(wǎng)站上肯定可以找到該質(zhì)粒的相關(guān)信息。
在他們公司主頁搜索欄直接搜索質(zhì)粒名稱，得到質(zhì)粒序列，圖譜什么的都不成問題，而且可以下到表達(dá)系統(tǒng)操作手冊，原核表達(dá)看完pET表達(dá)系統(tǒng)操作手冊，真核系統(tǒng)看完畢赤酵母表達(dá)系統(tǒng)。
方法四：如何查找經(jīng)過改造過的質(zhì)粒的質(zhì)粒圖譜
有些質(zhì)粒是經(jīng)過改造的，所以通過上述方法不能查詢到相應(yīng)信息。這時(shí)，可以在google scholar中輸入質(zhì)粒名稱，可以直觀地看哪些學(xué)者在何文章中使用了該質(zhì)粒，從而可了解到質(zhì)粒的來源；或者籍此向作者咨詢或索取。
另外介紹下如何通過文獻(xiàn)查找經(jīng)過改造的質(zhì)粒的圖譜信息，
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). “☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.” Nucleic Acids Res 38(6): e92.
這篇文獻(xiàn)，介紹了一種大腸桿菌染色體整合的方法，文中介紹了三個(gè)質(zhì)粒，是由作者自己改造了，如何查找到這三個(gè)質(zhì)粒圖譜了呢？
首先在PubMed中搜索到該文獻(xiàn)，如下圖。
很多人，找到文獻(xiàn)，僅僅將文獻(xiàn)下載下來就OK了，其實(shí)還有很多有用的信息，比如文章的supplementary，還有如上圖右邊的標(biāo)記部分，Nucleotide，protein都是一些很重要的信息。點(diǎn)擊右邊的Nucleotide，進(jìn)入如下頁面，看，文中涉及到的六個(gè)質(zhì)粒序列全都有，點(diǎn)擊進(jìn)入，按照方法二中，NCBI下載質(zhì)粒圖譜的方法就可以得到這幾個(gè)質(zhì)粒的圖譜，當(dāng)然，前提是該文章的作者已將載體信息上傳了NCBI。
